Les antibiotiques ne peuvent pas prévenir les infections.
En effet, ils ne sont actifs que sur les bactéries et encore pour autant qu'elles soient sensibles à cet antibiotique pour prévenir une infection future dont on ne connaît pas la cause. Il y a pourtant quelques exceptions.
En cas de risque élevé de contamination avec un pathogène bien spécifique (par ex:le parasite de malaria), on peut administrer des produits antimalaria afin de bloquer l'infection dès qu'elle se déclenche.
Un autre ex est le traitement préventif d'une personne contaminée après un contact avec un patient présentent une tuberculose pulmonaire active (démontrée par un test cutané) mais qui ne présente pas encore des symptômes ou des lésions aux poumons. Dans ce cas l'administration d'un antibiotique durant 6 mois peut éviter que l'infection ne s'aggrave en une vraie maladie infectieuse.
Lors de certaines opérations dans des endroits fort contaminés (par ex: opération des intestins) ou lors d'opérations longues (par ex:chirurgie à cœur ouvert, prothèse de la hanche, etc..),une ou deux administrations d'antibiotiques pendant l'opération peuvent réduire le risque d'une infection post-opératoire.